张泽民课题组发表单细胞数据整合新方法

2月18日,北京大学生物医学前沿创新中心(BIOPIC)、生命科学学院、北京未来基因诊断高精尖创新中心(ICG)、生命科学联合中心(CLS)张泽民实验室联合百奥智汇在期刊 Genome Biology 上发表了题为“iMAP: integration of multiple single-cell datasets by adversarial paired transfer networks”的生物信息方法学论文,提出了基于深度自编码器和生成式对抗神经网络的单细胞数据整合的新方法iMAP。

 iMAP算法的基本框架

iMAP提供了免费Python软件包(http://www.1n8.3834539.com/Svvord/iMAP),可供用户实现单细胞转录组数据整合。随着单细胞测序技术的广泛普及应用以及大量的大规模数据集的产生,iMAP可能成为整合不同批次实验产生的数据的有利工具,并为后续算法的开发提供新的思路。

北京大学BIOPIC/生命科学学院博士后王东方和清华大学博士生侯思宇为该论文的共同第一作者,王东方和BIOPIC/生命科学学院张泽民教授为该论文的通讯作者。该课题得到了国家自然科学基金委、北京未来基因诊断高精尖创新中心及北京百奥智汇的资助。

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